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Migrei uma conta de servidor para o outro e quando eu executei o rsync para sincronizar os dados deu o seguinte erro:

protocol version mismatch - is your shell clean?
(see the rsync man page for an explanation)
rsync error: protocol incompatibility (code 2) at compat.c(60)

Cabulozidades a parte procurei no google e achei este blog aqui: http://www.gearhack.com/Forums/DisplayComments.php?file=Computer/Linux/rsync_errors

E ele diz o mais o menos o seguinte sobre o problema:
O rsync não consegue fazer a conexão via SSH se existir algum script extra no .bashrc ou no .bash_profile

No meu caso os arquivos estavam sem modificação ai caiu a ficha, na hora da migração do servidor eu tinha esquecido de habilitar a conexão SSH da conta no servidor novo!