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Notei que depois de atualizar meu ubuntu para a versão 9.10 a o meu Eclipse estava muito lento ai me lembrei que o Ubuntu por padrão não usa a máquina virtual da Sun mas sim a gij e por isso a coisa esta tão precária.

Para saber qual a máquina virtual está rodando execute

java -version

Para mim saiu:

java version "1.5.0"
gij (GNU libgcj) version 4.4.1

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warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

Caso a máquina da sun esteja instalada basta fazer a troca através do comando:

sudo update-alternatives --config java

No meu caso apareceu isso:

Existem 4 escolhas para a alternativa java (fornecendo /usr/bin/java).

  Seleção    Caminho                               Prioridade Estado
------------------------------------------------------------
* 0            /usr/bin/gij-4.4                       1044      modo automático
  1            /usr/bin/gij-4.2                       42        modo manual
  2            /usr/bin/gij-4.3                       43        modo manual
  3            /usr/bin/gij-4.4                       1044      modo manual
  4            /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java   63        modo manual

Pressione ENTER para deixar a escolha corrente[*] ou digite o número selecionado:

O  * indica qual a máquina virtual que está sendo executada, para alterar digitei o número 4 que correspondia a máquina virtual da Sun e zaz ao rodar novamente o java -version apareceu:

anselmo@pc08:~$ java -version
java version "1.6.0_16"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_16-b01)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 14.2-b01, mixed mode)
anselmo@pc08:~$